为提高中医药防病治病能力和自主创新能力，国家发展改革委和国家中医药管理局于2008年启动了中医临床研究基地建设项目申报工作，经过初审、复审、终审以及公示，2009年5月江苏省中医院被确定为16家国家中医临床研究基地之一，重点研究脾胃病溃疡性结肠炎、胃癌两个重点病种，并于2010年第一批获得中央财政7500万元。经过7年的建设，于2016年12月通过国家中医药管理局整体验收及重点病种验收。

 遴选成为国家中医临床研究基地重点研究脾胃病的建设单位——江苏省中医院，其脾胃病临床诊疗和科研能力在全国中医系统独具优势，具有学术渊源深厚、名医大家辈出、技术方法独特、科研成果丰硕、学科体系丰富等特点。
      历代以来，江苏名医辈出，尤其是明清时期，形成了吴门医派和孟河学派，相互影响，其中不少医家不仅发展了温病学说，而且对脾胃病诊疗留下了很多宝贵的经验，对全国及江苏脾胃病诊疗的繁荣与发展起到了积极地推动作用。数百年来，历经薪火相传，始终指导着临床，成为该院脾胃病学科宝贵的学术源泉。如江苏苏州著名医家叶天士（1667～1746）、苏州御医吴门医派代表曹沧洲（1849～1931）、淮阴晚清著名医家吴瑭（1736～1820）、清末御医孟河医派代表马培之（1820～1903）、无锡晚清名医张聿青（1842～1904）等诸多名医均有丰富的治疗脾胃病的经验记载。新中国成立后，不少名医大家的弟子后人出现在江苏省中医院的发展史上，深刻影响着医院脾胃病学术的发展。
      江苏省中医院脾胃病学科汇聚孟河与吴门学派两大著名中医学术流派人才。建院至今，名医大家辈出：学科创始人张泽生教授为建国后中医脾胃病专业首批博士生导师，师门源于江苏清末御医、著名孟河学派代表医家马培之先生；张泽生教授为学科培养了以江苏省名中医张继泽教授、单兆伟教授为代表的多位学术继承人。吴门学派曹鸣高教授师承家学苏州清末御医曹沧州先生，培养了江苏省名中医曹蓓蓓教授等学术继承人。国医大师、学科徐景藩教授幼承庭训，弱冠之年即行医家乡吴江，秉承著名吴门学派代表医家叶天士、徐大椿，创新发展，培养了以江苏省名中医刘沈林教授为代表的学术继承人。多年来，这些学科继承人也继续培养了以消化科学科带头人沈洪教授为代表的一批优秀学术传承人，成为国内脾胃病领域的著名学者，其影响不仅遍及本省及周边地区，在全国也有较大影响力。
      历经几代人的拓展，围绕脾胃病临床与研究的学科体系已经形成。不仅有国家级重点学科脾胃病科，针灸科，而且包括省级重点学科肿瘤科，肛肠科，还包括消化肿瘤外科、消化内窥诊治等新兴学科。消化道肿瘤学术带头人刘沈林教授、学科带头人王瑞平主任为国医大师徐景藩教授学术继承人；脾胃病学科带头人沈洪教授是国医大师周仲瑛教授学术继承人。以刘沈林为学科带头人的江苏省优势学科--中西结合学科，将临床与应用基础研究紧密结合，进一步拓展了脾胃病学科体系。融中医、中西结合与一体，融合消化内镜技术与应用基础研究与一体的的大脾胃体系的形成，不仅是医院脾胃病基地建设的有力保障，而且在全国脾胃病领域独树一帜。
      经过7年的建设，医院建设理念发生深刻转变，医院面貌发生巨大变化，基础条件得到极大改善，临床服务能力显著提高，科研机构、研究团队建设显著提升，管理与运行机制不断创新，医院将以基地建设为契机，进一步加强内涵建设，努力为把医院建设成为国内领先的现代化综合性研究型中医医院，为人民健康和中医事业发展做出新的贡献。